Méthode « Split-Pool Barcoding »
Leurs méthodes brevetées de préparation de librairies « Split-Pool Barcoding » et d’indexation combinatoire exploitent la cellule comme un compartiment.
Les cellules ou les noyaux sont traités par une série d’étapes de barcoding qui identifient de façon unique les cellules et leurs analytes (par exemple ADNc, ADNg, ARN ou protéine). Les cellules perméabilisées sont réparties dans une plaque multi-puits où d’autres barcodes, personnalisées selon les applications en aval, marquent les analytes cellulaires avec un code-barres de l’échantillon qui est uniforme pour toutes les cellules d’un même puits.
Ces cellules sont regroupées, puis redistribuées de manière aléatoire pour une autre série de barcoding. Le nombre de cellules dont le profil est établi peut être augmenté exponentiellement avec des cycles répétés de pooling et splitting, permettant des expériences Single Cell sur des centaines de milliers à plusieurs millions de cellules.
Avantages
Les produits de ScaleBio permettent une combinaison unique de débit accru, d’analyse multi-omique, de diminution de coût de préparation des librairies et de données de haute qualité
– Indexation accrue des échantillons: permet des niveaux plus élevés de multiplexage d’échantillons par expérience avec la possibilité de stocker des échantillons pour des expériences futures
– Débit cellulaire augmenté: Permet d’identifier des centaines de milliers à des millions de cellules par expérience
– Multiples applications: permet des applications génomiques, protéomiques, épigénomiques, transcriptomiques et multi-omiques
– Chimies hautement efficaces: permet de générer des librairies complexes de cellules uniques pour un profilage plus approfondi des cellules
– Faible coût de préparation des librairies: permet de générer des librairies importantes et complexes à faible coût par échantillon et par cellule
– Compatibilité absolue: Compatible mais aussi indépendant des systèmes Single Cell Droplet et Well-based disponibles sur le marché
Analyse et profilage Single Cell
Profilage Epigénétique
Le kit Single Cell d’accessibilité à la chromatine (scATAC-Seq) de ScaleBio permet aux utilisateurs de profiler jusqu’à 300 000 noyaux en une seule expérience, réduisant ainsi le coût par cellule tout en maintenant la qualité des données. Le workflow simplifié intègre la tagmentation et l’indexation des échantillons, permettant aux utilisateurs de profiler jusqu’à 24 échantillons simultanément.
Profilage Transcriptomique
Le kit de préparation de librairie scRNAseq 3′ gene expression de ScaleBio et son logiciel d’analyse permettent d’indexer jusqu’à 96 échantillons et jusqu’à 125 000 cellules en une seule expérience, afin de permettre des études Single Cell plus importantes et plus complexes. Le kit scRNAseq de ScaleBio est compatible avec les lignées de cellules humaines et de souris, les PBMC et les échantillons de noyaux.
Bonne récupération des noyaux, faible bruit de fond et identification précise du type de cellule avec les PBMC.
