ResolveDNA® scDNAseq Single-Cell DNA Sequencing Kits

• Couverture génomique complète avec la qualité d’un échantillon séquencé en bulk mais à partir d’une cellule unique.
• Réduction significative de la perte d’allèles et des biais par rapport aux méthodes d’amplification du génome entier existantes qui produisent une couverture faible et variable à travers le génome.
• Amplification spécifique de la matrice primaire avec >97% des reads couvrant le génome humain.
• Approche peu coûteuse et évolutive de la WGA avec jusqu’à 384 réactions par kit.
• Workflow simple et facile à utiliser, qui peut être mis en place de manière automatisée.
• Protocoles disponibles pour créer des librairies pour le séquençage du génome entier (WGS) ou la capture pour le séquençage de l’exome entier ou d’un panel ciblé.

Dix cellules individuelles ont été isolées à partir d’une culture de lymphocytes B humains (norme de référence du génome humain CEPH1463/NA12878/ GM12878). La WGA a été réalisée sur des cellules individuelles, à l’aide du kit d’amplification du génome entier ResolveDNA.

Les produits WGA ont été convertis en librairies indexées et soumis à un séquençage du génome entier (WGS) à couverture élevée sur la plateforme Illumina®. Pour les autres méthodes WGA, les données WGS Low-pass (générées à partir de fibroblastes BJ1 individuels) ont été obtenues à partir d’une étude publiée précédemment (Chen, C. et al. Science 2017 ; 356 : 189).

Pour obtenir une comparaison équitable des différentes méthodes WGA, les données brutes de tous les échantillons ont été alignées et prétraitées pour la recherche de variants à l’aide du même pipeline. Toutes les mesures présentées dans le tableau ont été générées à partir de fichiers BAM aléatoirement sous-échantillonnés (300 millions de reads par cellule).

Il convient de noter que les mesures pour toutes les méthodes autres que le kit ResolveDNA sont des surestimations, en raison de la manière dont l’analyse des données a été effectuée dans l’étude originale. Les mesures de ResolveDNA ont été générées à l’aide de la première version du kit d’amplification du génome entier ResolveDNA. Le nouveau kit ResolveDNA Whole Genome Single-Cell Core Kit permet d’obtenir des mesures similaires, avec une augmentation notable de la sensibilité aux SNV, qui passe à 96 %.