Panel de déplétion ciblée de l’ARN pour augmenter la sensibilité de détection des transcrits faiblement exprimés dans les échantillons de sang
Le panel CRISPRclean de déplétion de l’ARN de la globine élimine quatre transcrits de la globine, hautement exprimés in-vitro avant le séquençage, redistribuant les clusters de séquençage vers des transcrits uniques biologiquement pertinents, ce qui permet de maximiser l’UMI et la sensibilité des gènes.
Au-delà de la ribodéplétion, les échantillons d’ARN comportent généralement un grand nombre de transcrits hautement exprimés et bien caractérisés, et le reséquençage de ces transcrits n’apporte que peu d’informations biologiquement pertinentes. Malheureusement, ces transcrits hautement exprimés rivalisent avec les transcrits faiblement exprimés pour la couverture de séquençage. Ce manque de couverture de séquençage, associé à un bruit de fond important provenant des transcrits à forte expression, limite la détection des gènes à faible expression, des variants rares et des événements de fusion uniques qui peuvent être des facteurs de maladie.
Points forts
– Panel de globines conçu pour éliminer les transcrits surexprimés dans les échantillons sanguins.
– Réaffectation des reads de séquençage aux transcrits faiblement exprimés pour une meilleure couverture
– Maximiser la détection des variants et des isoformes avec moins de séquençage
Le kit contient un ARN guide spécifique de la globine et des réactifs de déplétion pour la déplétion post-library. Compatible avec CRISPRclean Single Cell RNA Boost (KIT1018) et CRISPRclean RNA Prep HMR (KIT1014)
