RNA Depletion Panels

Le kit DepleteX™️ Nasopharynx Microbial RNA Boost supprime les transcrits fortement exprimés in vitro avant le séquençage, en redistribuant les grappes de séquençage en fonction du contenu microbien et des agents pathogènes, ce qui vous permet de maximiser la découverte.

L’ARN dérivé d’échantillons nasopharyngés cliniques est généralement de mauvaise qualité et en quantité. La composition de l’ARN est dominée par ceux dérivés des microbes hôtes et commensals, laissant une petite fraction de tout agent pathogène d’intérêt. Cette combinaison d’un faible intrant, d’un ARN de mauvaise qualité et d’une forte contamination de l’hôte inhibe la sensibilité du mNGS et limite la détection des microbes à faible expression et des nouveaux agents pathogènes.

Points forts

Appauvrissement simple de l’ARN humain à partir d’échantillons nasopharyngés

Détection améliorée et agnostique des agents pathogènes dans des échantillons nasopharyngés difficiles à fort contenu humain

Permet la détection de virus à des valeurs Cq allant jusqu’à 30 avec 4 millions de lectures

Le kit CRISPRclean High Expressing RNA Depletion élimine les transcrits les plus expressifs in-vitro avant le séquençage, redistribuant environ 70%* des lectures de séquençage vers des transcrits uniques biologiquement pertinents, ce qui vous permet de maximiser la détection de transcrits faiblement exprimés ou d’isoformes rares.

Points forts

– Suppression de >4 000 transcrits hautement exprimés dans le sang total et les fibroblastes

– Attribuer ~70 % de reads en plus à des transcrits faiblement exprimés biologiquement pertinents

– Maximisation de la détection des variants et des isoformes avec moins de séquençage

– Détection accrue des transcrits faiblement exprimés

– S’intègre facilement dans votre flux de travail grâce à un protocole simple et flexible

Le panel CRISPRclean de déplétion de l’ARN de la globine élimine quatre transcrits de la globine, hautement exprimés in-vitro avant le séquençage, redistribuant les clusters de séquençage vers des transcrits uniques biologiquement pertinents, ce qui permet de maximiser l’UMI et la sensibilité des gènes.

Au-delà de la ribodéplétion, les échantillons d’ARN comportent généralement un grand nombre de transcrits hautement exprimés et bien caractérisés, et le reséquençage de ces transcrits n’apporte que peu d’informations biologiquement pertinentes. Malheureusement, ces transcrits hautement exprimés rivalisent avec les transcrits faiblement exprimés pour la couverture de séquençage. Ce manque de couverture de séquençage, associé à un bruit de fond important provenant des transcrits à forte expression, limite la détection des gènes à faible expression, des variants rares et des événements de fusion uniques qui peuvent être des facteurs de maladie.

Points forts

– Panel de globines conçu pour éliminer les transcrits surexprimés dans les échantillons sanguins.

– Réaffectation des reads de séquençage aux transcrits faiblement exprimés pour une meilleure couverture

– Maximiser la détection des variants et des isoformes avec moins de séquençage

Le kit contient un ARN guide spécifique de la globine et des réactifs de déplétion pour la déplétion post-library. Compatible avec CRISPRclean Single Cell RNA Boost (KIT1018) et CRISPRclean RNA Prep HMR (KIT1014)

Le panel de déplétion de l’ARN CRISPRclean élimine les transcrits insuliniques les plus exprimés in-vitro avant le séquençage, redistribuant les clusters de séquençage vers des transcrits uniques biologiquement pertinents – ce qui vous permet de maximiser l’UMI et la sensibilité des gènes.

Au-delà de la ribodéplétion, les échantillons d’ARN comportent généralement un grand nombre de transcrits hautement exprimés et bien caractérisés, et le reséquençage de ces transcrits n’apporte que peu d’informations biologiquement pertinentes. Malheureusement, ces transcrits hautement exprimés rivalisent avec les transcrits faiblement exprimés pour la couverture de séquençage. Ce manque de couverture de séquençage, associé à un bruit de fond important provenant des transcrits à forte expression, limite la détection des gènes à faible expression, des variants rares et des événements de fusion uniques qui peuvent être des facteurs de maladie.

Points forts

– Panel d’insuline conçu pour éliminer les transcrits surexprimés dans les échantillons de pancréas

– Réaffectation des reads de séquençage aux transcrits à faible taux d’expression pour une meilleure couverture

– Maximisation de la détection des variants et des isoformes avec moins de séquençage

Le kit contient de l’ARN guide spécifique de l’insuline et des réactifs de déplétion pour la déplétion post-library. Compatible avec CRISPRclean Single Cell RNA Boost (KIT1018) et CRISPRclean RNA Prep HMR (KIT1014)