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La performance de ligation, avec la facilité de la tagmentation

Séquençage Whole Exome

 

Les mesures de l’exome à 6 Gb pour les librairies générées à l’aide de MosaiX Library Prep sont extrêmement comparables aux librairies générées à l’aide de la fragmentation enzymatique suivie de la ligation

 

En outre, MosaiX Library Prep a surpassé transposition de Tn5 liée à des billes en termes de taux de duplication, de complexité des librairies (HS library size) et de pourcentage de cibles non couverte – ce qui met en évidence la différence de performance de TnX !

Méthode : 50 ng d’ADN NA12878 (Genome in a Bottle) ont été utilisés pour tous et les librairies ont été préparées en suivant les guides d’utilisation des fabricants. Les librairies ont ensuite été capturées à l’aide du panel Exome 2.0 de Twist et du workflow standard. Le séquençage a été effectué sur NextSeq 2000, ramené à 6 Gb chacun, puis aligné sur les cibles de capture d’exome de Twist sur hg38.

Caractéristiques

  • TnX, transposase de nouvelle génération
  • Workflow simple de 90 minutes (35 minutes ou moins de manipulation)
  • Produit des librairies de haute complexité
  • Couverture uniforme des séquences
  • Faibles taux de duplication

La différence TnX : réduction du biais du site d’insertion

Le biais du site d’insertion de début de read a été mesuré en examinant la fréquence des bases dans les 9 premières bases de chaque read.  Les positions présentant un biais de nucléotide par base plus élevé sont représentées par des hauteurs pour Tn5 hyperactif et TnX, et illustrent le biais réduit de TnX.

TnX trouve les cibles d’exome manquantes !

Les cibles cliniquement pertinentes peuvent être manquées lors de l’utilisation d’autres méthodes de préparation de librairies telles que la tagmentation liée à des billes utilisant la transposase Tn5

 

La réduction du biais d’insertion de TnX et la plus grande complexité moléculaire des librairies MosaiX permettent d’accéder à des régions difficiles du génome, ce que la transposase Tn5 ne peut pas faire

Séquençage Whole Genome

Les librairies MosaiX atteignent une couverture plus élevée que les librairies préparées avec la transposase Tn5 liée à des billes, avec le même PF Gb total

 

Le taux de duplication est plus faible et la taille estimée de la librairie est plus élevée pour MosaiX, ce qui indique une librairie de génome entier plus complexe

Méthode : 50 ng d’ADN NA12878 (Genome in a Bottle) ont été utilisés dans les deux cas et les librairies ont été préparées en suivant les guides d’utilisation des fabricants. Le séquençage a été effectué sur une Flow Cell NovaSeq X+ 25B, échantillonné à 105 Gb chacun, puis aligné sur hg38.

Spécifications

Applications Human WGS, Human WES, Plant & animal WGS Transposase TnX – Next generation engineered transposase Sample Input types Genomic DNA DNA Input Range 50 – 100 ng* Reactions per Kit 24 or 96 Sequencer Compatibility All Illumina sequencing platforms / Complete Genomics platforms or Element Biosciences AVITI™

Consommables seqWell