Analyse de séquence N-terminale (Séquençage d’Edman)
La technique de microséquençage peut être réalisée à partir soit d’échantillons en solution dans un milieu adéquat, soit d’échantillons fixés sur une membrane de PVDF (polyvinylidène difluorure) de type Problott. L’immobilisation sur PVDF peut être obtenue de plusieurs façons, soit à partir de solution, soit par (électro)transfert depuis un gel d’électrophorèse.
Échantillons en solution ou séparés sur gel SDS PAGE
Sur le plan quantitatif, pour une expérience et dans des conditions standards, il faut au moins 1 picomole de protéine séquençable, soit 2 à 5 picomoles déposées (100 à 250 nanogrammes de protéines de 50 kDa) pour une séquence N-terminale d’au moins 10 résidus. Le nombre maximal de résidus déterminables dépend de la pureté de la protéine, de sa quantité, de son hydrophilicité et de l’enchaînement des acides aminés.
Séquençage à partir d’échantillons fixés sur membrane
Le transfert sur membrane permet de dessaler et de laver très efficacement un échantillon. C’est aussi le moyen de récupérer une protéine à partir d’un gel d’électrophorèse. Enfin, après fixation sur membrane, il est facile de procéder à la protéolyse d’une protéine (trypsinolyse).