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GenapSys™ : Séquenceur et Prep System

GenapSys™ : Séquenceur et Prep System

Utilisations : NGS Séquenceur

 

Le séquenceur GenapSys propose une nouvelle technologie de séquençage NGS utilisant la toute première puce de séquençage purement électrique, composant clé de cette plate-forme entièrement intégrée.

Combinant la détection électrique de l’incorporation des nucléotides grâce à des puces CMOS (Complementary Metal Oxide Semiconductor) associée à la chimie de séquençage par synthèse (SBS) cette technologie vous fournira des données de hautes précisions.

Compact, robuste, facile à utiliser, doté d’un système de fluidique simple, et d’une détection électrique ne nécessitant pas de système d’optique, le séquenceur GenapSys met le séquençage à la portée de pratiquement tous les laboratoires grâce à son faible coût d’achat et de maintenance.

 

Une nouvelle technologie de détection électrique

 

GenapSys a développé une nouvelle plateforme électrique capable de détecter avec précision les incorporations d’une seule base. Sur la surface de la puce de séquençage CMOS (Complementary Metal Oxide Semiconductor), des millions de capteurs sont conçu pour capturer chacun une bille sur laquelle sont fixés les fragments à séquencer, préalablement amplifiés. Chaque capteur est constitué d’électrodes, qui sont en contact avec la bille capturée par ce capteur.

Les électrodes de chaque capteur mesurent de minuscules changements d’impédance lorsque des nucléotides sont incorporés aux niveau des billes.

Lorsqu’un nucléotide est incorporé, la valeur d’impédance mesurée par ce capteur variera, créant un graphique qui ressemble à un escalier. Les informations sur la façon dont le signal a changé peuvent être résumées comme un signal différentiel. L’amplitude du signal différentiel est en corrélation avec le nombre de nucléotides incorporés.

 

Précision exceptionnelle : > 80 % des bases > Q30 validées sur de nombreuses applications

 

La plate-forme est capable de générer des données de séquence de haute qualité et offre la haute résolution et la sensibilité analytique nécessaires à la détection de variants ou transcrits rares. Il génère des données de séquence qui dépassent > 80% des bases > Q30 avec des longueurs de lecture moyennes > 150 pb.

 

Evolutivité inégalée: 3 puces permettant de s’adapter à vos besoins et à votre débit

 

Cette plate-forme de séquençage offre la possibilité de passer facilement de 1 million à 16 millions à 144 millions de capteurs, simplement en utilisant des puces de séquençage différentes, pouvant toutes fonctionner sur le même instrument.

Ces 3 puces permettent un choix large de débits, adaptés à diverses applications, et offrant une flexibilité sans avoir besoin de pooler un nombre d’échantillons excessif.

La puce 16M (2,0 Go) vous permettra de réaliser les applications suivantes :

• Re-séquençage ciblé :
      – Amplicon
      – Capture à façon
      – PCR long Range
• Séquençage de petits génomes
• Validation de gene editing
• Séquençage 16S
• Séquençage d’ARNm ciblé
• Séquençage de petits ARN
• Séquençage ciblé en Single Cell

Les puces 16M (3,8 Go), 144M (30Gb) et 144M (50Gb) (disponibles prochainement) vous permettront de réaliser les applications suivantes:
• Re-séquençage ciblé (large panel)
• Exomes
• Transcriptomes
Single cell gene expression

 

Streamlined 4-step workflow using the GenapSys Platform

 

1-Préparation des libraries :
Le séquenceur est compatible avec une large gamme de kit de préparation de library.

2-Amplification clonale :
Le système de préparation de séquençage GenapSys automatise la procédure d’amplification clonale sur billes en un cycle de 4 heures sans surveillance. Le produit amplifié final est alors prêt pour le séquençage.

3-Séquençage :
Le matériel amplifié est chargé dans une puce de séquençage. L’interface système conviviale, guide l’utilisateur pas à pas pour le chargement des consommables et la procédure de configuration du run. Le système utilise sa propre chimie SBS haute précision exclusive pour fournir des données de haute qualité.

4-L’analyse des données :
Les données de sortie du séquençage sont des fichiers FASTQ standards. Cela permet aux outils d’analyse secondaire existants d’être utilisés pour l’analyse des données GenapSys.

GenapSys propose également l’utilisation de GenHub, une solution hébergée dans le cloud, pour réaliser des analyses secondaires avec des paramètres optimisés pour les données GenapSys. Cela évite le besoin de serveurs supplémentaires coûteux.

 

Le système de préparation du séquençage GenapSys automatise l’amplification clonale en quelques minutes seulement

 

Le système de préparation GenapSys remplace l’étape d’amplification clonale manuelle dans le flux de travail du séquenceur GenapSys par un processus de chargement et de déchargement qui automatise la préparation et l’enrichissement des modèles dans un seul appareil.

Cet instrument de faible encombrement utilise des réactifs en cartouche et fait appel à la technologie des billes magnétiques pour isoler les particules positives des modèles qui peuvent ensuite être chargées sur les puces de séquençage GenapSys.

 

Les notes d’applications

 

Variant Calling on the GenapSys Sequencing Platform (pdf)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Oncology Research Applications using the GenapSys Sequencing Platform (pdf)

 

 

 

 

 
 

 

 

 

Small Genome Sequencing on the GenapSys Sequencer (pdf)